海达尔虽然撤退了，但是马守应却没有出营追击，他趁着安集延人撤退的机会，开始了对于叶尔羌军的整顿。
虽然叶尔羌汗向大明表示了臣服，也邀请了大明朝廷派人前来整顿叶尔羌的行政机构和军队组成。但表面上叶尔羌汗国却还是一个独立的国家，因此此种行政和军事的变革并没有全面的深入下去，埃米尔们在行政和军队中依然保持着强大的话语权。
但是随着沙赫.巴兹伯克和一大批和他一起出战的埃米尔的死亡，使得这只出征布哈拉汗国的军队出现了微妙的变化。
这些远征军中的叶尔羌士兵们，从来没打过这么残酷的战争。叶尔羌汗国内部虽然有着东、西部领主之间的冲突，但是这种内部战争中，士兵的伤亡其实并不大，只要战场上局势不利他们就可以投降，对面军队的将领也很乐意接受投降，或是把他们变成自己的农奴，或是将他们补充进仆从军去。
归根结底，大家都是来自于同一个国家、同一个民族，且大多数人的宗教信仰也相同，因此很容易就能消化变成自己的力量。
但是对于安集延人来说，叶尔羌人是不折不扣的外人，哪怕大家信仰的是同一个宗教，也不能改变叶尔羌人是来强占他们土地的事实。在这样的情绪下，安集延兵对于叶尔羌人也就毫不手软，很少会去俘虏活人了。
在安集延人的屠杀下，叶尔羌军很快就两级分化了，以埃米尔为首的军事首领们被安集延人的残暴吓跑了胆，纷纷打起了退堂鼓。而底层的叶尔羌兵们，因为同乡或家人被杀，开始变得坚强起来，想要为死难者复仇。
马守应便是利用了底层士兵们的复仇意愿，加上沙赫.巴兹伯克死后他身为这只军队统帅的优势，把这只军队的指挥权彻底的从埃米尔们手中夺了过来。
叶尔羌大营的守军加上刚刚抵达的后军和陆续归来的残兵，营中的人马很快便恢复到了五千六、七百的数量。这样规模的军队攻打安集延城大约还不足，但是防守大营却已经绰绰有余。
马守应夺取了军队的指挥权后，又借口天气炎热战死者的尸体不易保存，加上克雷奇汗需要知道沙赫.巴兹伯克等人的死亡，好给他们继续派遣援军和指示，因此便命令营中的埃米尔们带着沙赫.巴兹伯克等人的尸体返回喀什噶尔报信，并求援。
马守应的强势，士兵们的倾向，加上安集延人的凶残，使得这些埃米尔们虽然口上激烈反对，但是在马守应下达命令之后，他们还是毫无延迟的踏上了归程。
待到营中的埃米尔们大多被打发走之后，马守应便按照明军的营军制，将这只叶尔羌军分成了七营，每营人数在700-900之间。每营又分为五队，每队又分为五哨，每哨又分为五棚。一棚为6-10人，棚内兄弟必须同吃同住，以加深彼此之间的关系和了解，避免再出现战场上逃亡的状况。
这新编的七营，人数有多有少，战力也有高有低，因此马守应又将之分为左右两翼。战斗力强的四营人马编为左翼，他自己亲自带领。战斗力较弱的三营人马则编为右翼，由跟随沙赫.巴兹伯克出战却能全身而退的埃米尔亚拉格带领。
马守应侦查到海达尔退到距离大营西北约六十里的村子休息了十天，也没能等到自己出击而再次向安集延撤退后，便和亚拉格商议，由他带领右翼三营出兵，扫荡大营百里以内的村子，将他们迁移到大营后方看管起来。
如此一来，既能够从这些村子里获得足够的物资，也能断绝安集延从本地区继续获得情报和人手，从而让安集延变成聋子和瞎子。
在亚拉格三营人马出发扫荡的时候，马守应也加紧了对于手中四营人马的训练，将这只业余的军队变成在战场上能够听从指挥的军队。
应该来说，这对于马守应并不是什么艰难的任务，毕竟在他手下有着大量明军边军出身的亲卫，还有二十多名隐藏了身份的明军低阶军官。
而摒弃了埃米尔们在军中的职务之后，这些空缺出来的军官职务除了被马守应用来安插自己人之外，还提拔了一大批战场上表现出色的士兵，这一举动使得他对于远征军的整编行动得到了底层士兵们的支持。毕竟在过去，这些低级军官的职位可轮不到平民来担任。
马守应的策略很快就对战局造成了影响，乌兹根地区的村子里虽然也有一些能够作战的牧民，但是面对有组织的军队依然是不够看的。
在亚拉格率队屠灭了两个不肯搬迁的村子之后，这一地区剩下的村子便不敢再试图抵抗这些叶尔羌人，遵照着军队的命令带着家人和粮食财物迁移到了叶尔羌大营的东面，生生在安集延和叶尔羌大营之间造成了一片近百里的无人区。
再无法获得安集延的庇护下，乌兹根地区终于向自己的新主人表示了臣服。这一地区129个村子中，有89个村子向叶尔羌大营派出了使者和粮车，表示愿意归降叶尔羌汗国，只求对方不要摧毁自己的家园。
而剩下的村子不是遵照叶尔羌军的命令搬迁了，就是干脆整村人一起逃往了安集延，想要等待战争结束后再返回。
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