由于屺姆岛上的部队只管收容难民，并不拦截叛军运输。为了给明廷以充分的压力，叛军得到了屺母岛方面的明确承诺：只要不对南门关厢开火，叛军从其他各门破城他们均不会干涉。叛军随即开始肆无忌惮的运输重炮和弹药到莱州城下，不断猛攻莱州城。
孙元化虽然因为登州失陷的关系，一度遭到城内官、将的排挤，但是来援的神武左营参军彭有谟和取得南门大捷的吕泽扬都是他的麾下，所以不得不继续借重于他，而当莱州大捷的奏章上去之后，他渐渐又成了莱州乃至山东的战事的核心人物了。
在激烈攻防战斗中，城内一批守城官员、将领和缙绅相继“殉国”，其中既有历史上力战而死的莱州卫指挥李梦果和百户白仲仁等人，又有原本还能当上了满清天津巡抚的莱州缙绅张忻，也“中流矢”战死了。总之，莱州本地的缙绅和本地军官阵亡者甚重，一批不少生员也战死了。一时间莱州城似乎到了危如累卵的地步。
到了这年的农历三月二十七日，兵部侍郎刘宇烈以督理的身份誓师向莱州进发，共调集蓟门、密云等地的援兵和义勇乡兵，三镇人马步骑兵共计二万五千人。四月初二日，崇祯帝还特遣太监送红夷大炮六位至沙河交付援军。
不过刘宇烈等统帅均不谙兵事，各路人马杂揉前行，纪律混乱。在慢吞吞的行进中由王文晟押送的八百多辆车的粮草辎重遭到叛军骑兵的袭击，全部遭敌焚毁，不但造成供给困难，道路也被切断。
孔有德命令收编了王文晟的士兵，又派人在官兵老营所在的昌邑县城内散播三营官兵全军覆没的谣言。接着又用降兵攻打昌邑县城。刘宇烈大为恐慌，直接逃回青州。几天之后刘宇烈听说三镇的官兵还在，只是粮草都被烧光了，无法再战。就下令撤军。叛军趁机偷袭，官兵在沙河全军溃败，被俘者不计其数，大量火器被叛军缴获。
接下来，明军又闹出更大的笑话，天津旧将孙应龙自称和耿仲明是兄弟，夸口说能让耿仲明把孔有德，李九成绑来投降。天津巡抚郑宗周相信了他的话，给了他六十条船，两千号人马。
孙应龙派人前去说降耿仲明，耿仲明以诈降为手段将孙应龙和天津水师的二千人船直接诱到登州水城下，耿仲明随后将孙应龙斩首。因为获得了这支水师，叛军的水上力量更为强大，能够很方便的从东江各地交通，源源不断的东江旧部开始从海上涌入登莱地区。
官兵一连串的溃败造成了东三府局势愈发混乱，大量的溃兵沦为土匪或者直接加入叛军，这使得大批百姓蜂拥前往屺母岛避难，一度整个屺母岛难民营爆满，来不及转运。鹿文渊不得不在大陆上设立临时的收容所来收容更多的难民。
明军无能到诡异的失利使得屺母岛前委的元老们完全失去了对大明的最后一点敬畏。
“抢地盘！抢人！”鹿文渊在屺母岛前委发出了命令，随后山东支队在赶回来的朱鸣夏的指挥下开始了猛烈的地盘扩张。乘着地方混乱的局面，山东支队迅速就地扩军，从难民中大量招募青壮年编练为乡勇，由支队的老兵率领，以屺母岛为出发点，前出十几里建立了若干据点和堡寨，派驻乡勇。最后实际在屺母岛周边占领了方圆数十里的土地，并且趁乱占领了招远地区。
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